As amígdalas servem como agentes imuno-protetores, contudo, em algumas pessoas e especialmente em crianças que tenham amígdalas grandes, essas glândulas podem agir com menos eficiência ou nenhuma e causar infecções de garganta e infecções de ouvido frequentes, ou mesmo obstruir a respiração.
Este procedimento cirúrgico é realizado, muitas vezes, em conjunto com a adenoidectomia.

A amigdalectomia é aconselhável quando as crises de amigdalite se tornam tão frequentes ou graves que acabam por afetar a saúde geral do paciente ou interferir nas atividades diárias, na audição ou na respiração.
As diretrizes específicas para a realização da cirurgia são 5 ou mais episódios de amigdalite num ano, ou 3 ou mais episódios por ano num período de 2 anos, ou uma amigdalite grave, ou uma amigdalite que não responda a antibióticos.

O cirurgião mantém a boca do paciente aberta de modo a tornar as amígdalas visíveis. As glândulas são distendidas da parte posterior da garganta e são removidas por meio de um corte. Controla-se a hemorragia e, com frequência, o corte cicatriza por si só, não havendo necessidade de suturas.

A indicar pelo médico conforme especificidades de cada paciente.

Além dos riscos associados a uma cirurgia sob anestesia geral, há casos raros de hemorragia que pode passar despercebido e ter consequências graves, bem como deglutições ou lesão à úvula (palato mole).

Após a cirurgia, há uma redução da incidência de infecções da garganta, mas não uma eliminação definitiva. Durante o período de recuperação, recomenda-se ingerir alimentos moles, fáceis de deglutir e beber uma grande quantidade de líquidos frios. Durante as 2 primeiras semanas após a cirurgia, o paciente pode passar por períodos de bem e de mal-estar.

A recuperação completa pode levar 2 semanas. É natural que haja um pouco de dor de garganta e dor de ouvido nos primeiros dias após a cirurgia.